Kejaksaan Negeri Bantul berdiri pada tahun 1965, berkantor di kompleks Parasamya Kabupaten Bantul, yang saat sekarang menjadi kantor Bupati Bantul, selanjutnya pada tahun yang sama kantor Kejaksaan Negeri Bantul pindah di Dusun Depok, Kelurahan Bantul, Kecamatan Bantul, yang saat ini menjadi Jl. Dewi Sartika. Pada tahun 1974 Kantor Kejaksaan Negeri Bantul menempati gedung baru di Jl. R.A. Kartini 45 Bantul 55714, dan pada tragedi gempa Kejaksaan Negeri Bantul di Renovasi total dengan bangunan gedung berlantai 2 dan masih berada di Jl.R.A. Kartini 45 Bantul